Καθημερινά έρχονται στο προσκήνιο τα προβλήματα, που αντιμετωπίζουν στο σύνολό τους τα νοσοκομεία της Ηπείρου, τα οποία κατά γενική εκτίμηση διατηρούν το υψηλό επίπεδο παροχής υπηρεσιών χάρη στην ευσυνειδησία του ιατρικού και νοσηλευτικού προσωπικού. Είναι γεγονός ότι αν δεν υπήρχαν οι δωρεές και τα ευρωπαϊκά προγράμματα, καθώς τα τελευταία χρόνια η χρηματοδότηση του Εθνικού Συστήματος Υγείας έχει μειωθεί σημαντικά, σήμερα οι δομές του νοσοκομείου Φιλιατών θα ήταν σε μεγάλο βαθμό υποβαθμισμένες και φυσικά ούτε λόγος δεν θα γινόταν για εκσυγχρονισμό. Άλλωστε- όπως έχει επισημανθεί κατ΄ επανάληψη από την Πανελλήνια Ομοσπονδία Εργαζομένων στα Δημόσια Νοσοκομεία (ΠΟΕΔΗΝ)- υπάρχουν στα νοσοκομεία και σ' αυτό των Φιλιατών κενά σε ιατρικό και νοσηλευτικό προσωπικό, διαπιστώνονται ελλείψεις σε είδη, χωρίς να λείπουν και περιπτώσεις που δεν υπάρχουν ακόμη και φάρμακα. Δωρεές έχουν γίνει στο νοσοκομείο των Φιλιατών, με τις οποίες στηρίχτηκε η λειτουργία τμημάτων τους, ενώ εξίσου σημαντική είναι η συνεισφορά των ευρωπαϊκών προγραμμάτων, με τα οποία όχι μόνο ανανεώθηκε και ενισχύθηκε ο ιατρομηχανολογικός εξοπλισμός τους, αλλά προστέθηκαν και νέες κτιριακές εγκαταστάσεις.